Siedziba Podkarpackiego Oddziału Regionalnego ARiMR mieści się w biurowcu CONRES przy al. Rejtana 36 w Rzeszowie. Z uwagi na szerokie spektrum instrumentów wsparcia jakie oferuje ARiMR struktura organizacyjna ma złożony charakter.

W ramach oddziału występują określone układy komórek organizacyjnych oraz struktury terenowe - Biura Powiatowe. Siedziby Biur mieszczą się w każdym z 21 powiatów województwa podkarpackiego.

Od 24 czerwca 2009 r. wprowadzona została nowa struktura organizacyjna, która dostosowała układ organizacyjny do zadań związanych z nowym okresem programowania. W myśl Regulaminu Organizacyjnego w skład oddziału regionalnego wchodzą:

• Biuro Oddziału Regionalnego
• Biuro Zarządzania Zasobami Ludzkimi
• Biuro Wsparcia Inwestycyjnego
• Biuro Działań Społecznych i Środowiskowych oraz Płatności Bezpośrednich
• Biuro Kontroli na Miejscu
• Biuro Finansowo Księgowe
• Biuro Kontroli Wewnętrznej
• Samodzielne Stanowisko ds. Bezpieczeństwa
• Samodzielne Stanowisko ds. BHP
• Samodzielne Stanowisko ds. Kancelaryjno - Biurowych

W skład biura powiatowego wchodzą:

• Wydział Działań Społecznych i Środowiskowych oraz Płatności Bezpośrednich
• Wydział lub Samodzielne Stanowisko Pracy  ds. Rejestracji Zwierząt
• Samodzielne Stanowisko Pracy ds. Archiwizacji
• Samodzielne Stanowisko Pracy ds. Kancelaryjno - Biurowych

Poza przygotowaniem organizacyjnym, konieczne było również stworzenie systemu procedur wdrożeniowych i płatniczych. Kolejnym z istotnych działań podejmowanych przez Podkarpacki Oddział Regionalny ARiMR, warunkujący jej właściwe funkcjonowanie, jest rozwijanie i nawiązywanie współpracy z instytucjami zewnętrznymi.

Do instytucji tych należą zarówno instytucje rządowe jak i samorządowe m.in. Podkarpacki Urząd Wojewódzki, Agencja Nieruchomości Rolnych, Agencja Rynku Rolnego, Inspekcja Weterynaryjna, Podkarpacki Urząd Marszałkowski, Podkarpacka Izba Rolnicza, Podkarpacki Ośrodek Doradztwa Rolniczego, starostwa, urzędy miast i gmin, sołectwa, banki, instytucje naukowe,  uczelnie - szkolnictwo, Urzędy Pracy, instytucje pozarządowe.